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小米手机的短信拦截功能可能被设置或误操作导致短信消失，可能有以下几种原因。
1、短信被自动删除：小米手机的短信设置可能开启了自动删除功能，当短信达到一定数量或者到达一定的存储上限时，会自动删除一些短信以腾出空间，可以进入短信设置检查是否开启了此功能。
2、拦截设置过于严格：如果设置的拦截规则过于严格，可能会误判某些重要短信并将其拦截，可以检查拦截设置，适当调整规则以避免误判。
3、短信被误删或隐藏：可能在操作过程中不小心删除了某些短信，或者由于某些操作失误将短信隐藏了起来，可以在短信应用内搜索被拦截的短信，或者检查垃圾箱等文件夹。
4、系统问题或软件冲突：可能是系统出现问题，或者安装的某些应用与短信应用产生了冲突，导致短信消失，可以尝试重启手机，或者进入系统设置-应用管理，找到短信应用，尝试清除数据和缓存。
如果以上方法都不能解决问题，建议联系小米官方客服或到小米专卖店寻求帮助。